A．两种元素构成的共价化合物分子中化学键不一定都是极性共价键，可能含有非极性共价键，如乙烯中碳碳原子间存在非极性共价键，故A错误；

B．含有金属元素的化合物不一定是离子化合物，如氯化铝是共价化合物，故B错误；

C．需要加热的反应不一定是吸热反应，如铝热反应，故C错误；

D．不同元素原子的质量数可能相等，质量数=质子数+中子数，故D正确；

故选D．