A、HCl为共价化合物，只含共价键；MgCl₂为离子化合物，只含离子键；NH₄Cl为离子化合物，含有离子键和共价键，所以三种物质含有化学键类型不同，故A错误；

B、H₂O为共价化合物，只含共价键；Na₂O为离子化合物，只含离子键；CO₂为共价化合物，只含共价键；所以三种物质所含化学键类型不完全相同，故B错误；

C、CaCl₂为离子化合物，只含离子键；NaOH为离子化合物，含有离子键和共价键；H₂O为共价化合物，只含共价键；所以三种物质所含化学键类型不同，故C错误；

D、NH₃、H₂O、CO₂三种物质都是共价化合物，含有的化学键都是共价键，所以化学键类型相同，故D正确；

故选D．