A．氯化铵中铵根离子和氯离子之间存在离子键，氮原子和氢原子之间存在共价键，为离子化合物，故A正确；

B．水分子中氢原子和氧原子之间只存在共价键，为共价化合物，故B错误；

C．氮气分子中氮原子之间只存在共价键，为单质，故C错误；

D．氯化镁中镁离子和氯离子之间中存在离子键，为离子化合物，故D错误；

故选A．