A．二氧化碳分子中碳原子和氧原子之间只含共价键，故A错误；

B．氧化钠中钠离子和氧离子之间只含离子键，故B错误；

C．氯化钙中钙离子和氯离子之间只含离子键，故C错误；

D．氯化铵中铵根离子和氯离子之间存在离子键，氮原子和氢原子之间存在共价键，故D正确；

故选D．