A．研究直升机螺旋桨的转动，要研究各个点的情况，所以不能用点来代替，形状和大小不能忽略．故A错误．

B．百米赛跑运动员身体上各个点运动情况不同，不能用一个点代替运动员．故B错误．

C．正在轨道上调整姿势的卫星各个点运动情况不同，不能用一个点代替．故C错误．

D．研究从南通开往北京的列车的运动快慢时，由于位移远远大于小汽车的长度，此时列车可以看作质点，故D正确．

故选D．