A、由元素的定义可知，同一种元素的原子一定具有相同的质子数，因为质子数相同，不可能是两种不同元素的原子，所以，A错误；

B、两种不同的分子，可以含有相同质子数和核外电子数，例如：一个水分子和一个氨分子，质子数和电子数相同，都是10，所以，B正确；

C、在阳离子中，质子数大于核外电子数；在阴离子中，质子数小于核外电子数，所以，不可能是一种阳离子和一种阴离子，C错误；

D、在原子中质子数等于电子数，在离子中，质子数不等于电子数，所以，不可能是一种原子、一种离子，D错误．

故选B．