A、一枚硬币用力上抛，猜测它落地时是正面朝上还是反面朝上时，其大小不能忽略，故A错误；

B、对骑自行车的同学骑车姿势进行生理学分析，所以其动作要根据身体来确定，因而大小对问题有影响，故B错误；

C、分析跳水运动员在跳水比赛中技术特点，同样自身大小对研究问题有影响，故C错误；

D、分析奥运会冠军邢慧娜在万米长跑中各段所用时间，自身大小对于万米长跑来说可以忽略，故D正确；

故选：D