A、研究哈雷彗星绕太阳公转时，哈雷彗星彗星的形状可以忽略，因此可以把哈雷彗星当做质点来处理，故A正确；

B、在坐标系中确定物体的位置，均是把物体看作质点来处理，因此GPS定位系统确定汽车位置时，汽车可以当做质点处理，故B正确；

C、研究火车通过一座桥的时间时，由于火车长度不能忽略，因此不能看作质点，故C错误；

D、研究一端固定可绕该端转动的木杆的运动时，由于杆上各点运动情况不同，因此不能将杆作为质点处理，故D错误；

故选AC．