A、原子是化学变化中的最小粒子，但并不意味着原子就是最小的粒子，原子还可以继续被分成更微小的粒子，如质子、中子、电子；故A错误；

B、钠原子失去一个电子变为钠离子，其质子数不变，所以钠原子的质子数等于钠离子的质子数；故B错误；

C、任何物质的分子之间都有间隔，本题中氧气变成液氧只是分子间的间隔变小，但是间隔依然存在，故C错误；

D、分子、原子和离子都可以直接构成物质，它们是构成物质的三种基本微粒，故D正确；

故选D．