A、裁判眼中的体操运动员，看的是运动员的动作时否标准，所以此时运动员的形状不能忽略，不能看成是质点，所以A错误；

B、火车从上海开往北京时，火车的长度相对于上海到北京的距离来说是很小的，可以忽略，此时的火车可以看成质点，所以B正确；

C、计算火车通过某一路标所用的时间时，火车的长度是不能忽略的，此时的火车不能看成是质点，所以C错误；

D、研究地球的自转时，地球是不能看成质点的，否则就没有自转可言了，所以D错误．

故选B．