参考答案：(1)土地管理部门对航运公司行为的认定正确。《物权法》第137条规定，设立建设用地使用权，可以采取出让或者划拨等方式。工业、商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地以及同一土地有两个以上意向用地者的，应当采取招标、拍卖等公开竞价的方式出让。严格限制以划拨方式设立建设用地使用权。采取划拨方式的，应当遵守法律、行政法规关于土地用途的规定。可见，在我国，建设用地使用权分为划拨的建设用地使用权和出让的建设用地使用权。划拨的建设用地使用权一般是为了公共利益的需要才无偿划拨给使用权人利用土地的；出让的建设用地使用权是能够进入市场流通的建设用地使用权。航运公司建职工宿舍楼可以利用划拨的建设用地使用权。但是，建成后该航运公司却向社会公开销售该楼房，该楼房就变成了商品房。而商品房是只能建在出让的建设用地使用权上的。划拨的建设用地使用权若要进入市场流通。必须转为出让的建设用地使用权，缴纳国有建设用地使用权出让金。
(2)购房人拒缴建设用地使用权出让金的理由不能成立。因为购房人是这片土地的使用权人，必须缴纳建设用地使用权出让金。至于购房人和航运公司之间的争议问题，由购房人和航运公司自己解决。