解A、因水分子、氨分子、氖原子等具有相同的质子数是10，但不属于同种元素，所以A说法错误；

B、因钠离子和铵根离子的质子数都是11，则可能是两种离子，所以B说法错误；

C、因水分子和氖具有相同的质子数是10，则可能是一种分子和一种原子，所以C说法错误；

D、具有相同质子数的粒子，粒子可能为分子、原子、离子，不能确定，所以D说法正确；

故选D．