答案：D

题目分析：含有离子键的化合物是离子化合物，A正确；全部由共价键形成的化合物是共价化合物，因此共价化合物中一定不存在离子键，但在离子化合物中可能含有共价键，选项D不正确；在气态单质分子中，不一定存在着共价键，例如稀有气体分子中不存在化学键，B正确；原子间通过共价键形成的空间网状结构的晶体是原子晶体，则C正确，答案选D。

点评：该题是高考中的常见题型，属于中等难度的试题，试题基础性强，侧重对学生能力的培养和解题方法的指导与训练，有利于培养学生的逻辑推理能力和逆向思维能力。