答案：A

题目分析：A、只含有共价键的物质不一定是共价化合物，例如氢氧化钠中含有共价键属于离子化合物，A正确；B、由电子定向移动而导电的物质不一定是金属晶体，也可能是非金属单质，B不正确；C、有键能很大的共价键存在的物质熔沸点不一定很高，关键是形成该物质的晶体类型，C不正确；D、原子晶体中不一定只存在非极性共价键，也可能存在极性键，例如二氧化硅，D不正确，答案选A。