A、原子是由为原子核和核外电子构成的，原子核是由质子和中子构成的，但是有的原子中没有中子，故A错；

B、一种原子和另一种原子的本质区别是质子数不同，即原子的类别是由原子核内的质子数所决定的，故B正确；

C、原子是由为原子核和核外电子构成的，原子核是由质子和中子构成的，一个质子带一个单位正电荷，中子不带电，在原子内核内质子数等于核外电子数，一个电子带一个单位负电荷，所以原子核所带电量和核外电子所带的电量相等，电性相反，所以整个原子不显电性．故C错；

D、原子核的体积只占整个原子体积的几万分之一，但却集中了整个原子的主要质量，因为电子质量太小，可以忽略不计，故原子的质量主要集中在原子核上，即原子的质量主要集中在质子和中子上；故D错．

故选B．