A、研究小汽车通过苏通大桥的运行快慢时，由于大桥长度远远大于小汽车的长度，此时小汽车可以看作质点，故A正确；

B、地球绕太阳公转时，由于地球此时大小可以忽略，所以此时可以看作质点，故B正确；

C、火车过桥时，火车长度和桥的长度相比不能忽略，因此研究火车通过一座铁路桥所用的时间时，火车不能看作质点，故C错误；

D、研究“神州六号”飞船绕地球运行的高度时，飞船体积可以完全忽略，此时可以看作质点，故D正确．

本题要求选不能看作质点的，即选错误的，故选C．