A、根据原子是由原子核和核外电子组成，原子核由质子和中子组成，故A说法错误；

B、相对原子质量是以一种碳原子质量的1/12作为标准，其它原子的质量（实际质量）跟它相比较所得的值；因此相对原子质量就是原子的实际质量说法错误；故B说法错误；

C、根据分子是保持物质化学性质的最小粒子；故C说法错误；

D、根据元素的化学性质是由该原子最外层电子数决定的，所以与元素的化学性质关系密切的是原子的最外层电子数说法正确；故D说法正确；

故选D．