因A、B、C、D、E是同一周期的五种元素，

A和B的最高价氧化物对应的水化物显碱性，且碱性B＞A，则金属性B＞A，

最高价氧化物水化物是酸，且C比D的酸性强，则非金属性C＞D，

由同周期元素从左到右，元素的金属性减弱，非金属性增强，

则A、B、C、D的原子序数由小到大的顺序为B＜A＜D＜C，

又E是这五种元素中原子半径最大的，同周期元素从左到右，原子半径在逐渐减小，故E的原子序数最小，

所以五种元素的原子序数由小到大的顺序为E＜B＜A＜D＜C．

故选：C．