A、研究快速客车通过长江大桥时运行的快慢，快客汽车相对于长江大桥来说很小，故能看成质点．

B、研究地球的公转时，地球的大小相对于地球和太阳的距离来说是很小的，可以忽略，故看成质点．

C、研究“神州”六号飞船绕地球运行的高度，“神州”六号飞船相对于地球和飞船之间的距离来说很小，可以忽略其大小，故可以看成质点．

D、研究火车通过一座铁路桥所用的时间，火车的长度不能忽略，故不能看成质点．

所以只有D不能看成质点．

故选D．