A、钻木取火时钻与木头相互摩擦做功，机械能转化为木头的内能，是通过做功的方式增加了物体的内能，不符合题意；

B、两手互相摩擦时手发热，是由于克服摩擦力做功，将机械能转化为内能，属于做功改变物体的内能，不符合题意；

C、在炉子上烧开水，利用火焰直接加热，使物体的温度升高，是通过热传递的方式改变物体内能，符合题意；

D、用铁锤敲打铁块，机械能转化为内能，属于做功改变物体的内能，不符合题意．

故选C．