A、棉被和太阳之间发生热传递，因此是通过热传递改变了棉被的内能，不符合题意；

B、水蒸气对瓶塞做功，水蒸气内能减小，温度降低，内能转化为机械能，因此是做功改变内能的，符合题意；

C、金属勺放入热粥中，热粥的内能减小，金属勺的内能增加，能量从热粥转移给金属勺，因此是热传递改变了金属勺的内能，不符合题意；

D、一杯牛奶，放了一段时间后，温度降低，内能减小，是热传递改变物体的内能，不符合题意；

故选B．