A、钻木取火，通过克服摩擦力做功，把机械能转化为内能，是通过做功的方式改变物体内能的；

B、用热水给袋装牛奶加热，热量从温度高的热水传到温度低的牛奶，是通过热传递的方式改变内能的；

C、用“搓手”的方法取暖，搓手时，双手相互摩擦，克服摩擦力做功，机械能转化成内能，从而使手发热，

这是通过做功的方式改变内能；

D、用铁锤敲打铁丝的过程中，铁锤的机械能转化为铁丝的内能，使铁丝温度升高，这是通过做功的方式改变内能；

故选B．