A、由反应的微观变化过程示意图，该变化前后都含三种原子、原子个数均为9个原子，因此反应前后原子数目没有变化；故A正确；

B、由反应的微观变化过程示意图，反应前后原子种类、数目没有变化，但却可看出原子结合方式发生改变，可判断是原子的重新组合的结果；故B正确；

C、由反应的微观变化过程示意图，分子在化学变化中可以再分；故C正确；

D、反应前的反应物中有由同种原子构成的分子两个，所以有的物质的分子都是由同种类的原子构成，故D错误．

故选D．