内镜的消毒须使用高效消毒剂，如2％戊二醛消毒浸泡30分钟，消毒后用无菌蒸馏水充分冲洗。内镜、活检钳的灭菌首选压力蒸气灭菌，也可用环氧乙烷灭菌或2％戊二醛浸泡10小时。