水通直流电分解，水分子分裂成了氢原子和氧原子，然后氢原子、氧原子分别重新组合形成氢分子、氧分子．

A、电解水时发生变化是水分子，故选项正确．

B、电解水时发生变化是水分子，在反应前后原子的种类和数目都不变，氢原子没有发生改变，故选项错误．

C、电解水时发生变化是水分子，在反应前后原子的种类和数目都不变，氧原子没有发生改变，故选项错误．

D、电解水时发生变化是水分子，氢分子和氧分子是生成的分子，故选项错误．

故选：A．