A、在化学反应中，分子发生了变化，不是分子运动的过程，故A错误；

B、在化学反应中，是原子重新组合的过程，故B错误；

C、在化学反应中，元素种类没有变化，故C错误；

D、化学反应的实质是：在化学变化中，分子分解成原子，原子再重新结合成新分子，故D正确．

故选：D．