A、离子在化学反应中可能不变，例如盐酸和氢氧化钠反应，故不正确；

B、原子是化学变化中的最小粒子，在化学变化中不能再分，故不正确；

C、化学变化的实质是分子分裂成原子，原子重新结合成新的分子，即分子一定变，故正确；

D、原子是由原子核和核外电子构成．原子在化学变化中不能再分，原子核也不能分，故不正确；

故选C．