A、由反应的微观变化过程示意图，该变化前后都含三种原子、原子个数均为9个原子，因此反应前后原子数目没有变化；故A正确；

B、由反应的微观变化过程示意图，反应前后原子种类、数目没有变化，但却可看出原子结合方式发生改变，可判断是原子的重新组合的结果；故B正确；

C、反应前后的分子都是由原子构成，只是构成分子的原子种类、个数不同而已；故C正确；

D、反应前的反应物中有由同种原子构成的单质分子两个，该分子构成的物质为单质，故D不正确；

故选D．