A、由分子构成的物质，发生化学变化的实质是分子分解成原子，原子重新组合成新的分子，而不是物质的颜色变了，故A错误；

B、由分子构成的物质，发生化学变化的实质是分子分解成原子，原子重新组合成新的分子，而不是物质的状态变了，故B错误；

C、由分子构成的物质，发生化学变化的实质是分子分解成原子，原子重新组合成新的分子，而不是分子间的距离发生了变化，故C错误；

D、由分子构成的物质，发生化学变化的实质是分子分解成原子，原子重新组合成新的分子，故D正确．

故选：D．