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解析：我国《行政处罚法》规定在进行行政处罚是不得违背一事不二罚原则，即对同一项违法行为不得有两个以上行政机关处以两次以上罚款。因此，对于对某公司的违法占地着一项违法行为，不能由某市城市规划管理局和市政府两个行政机关对其进行两次罚款。