A、厨师在汤中放一勺盐，整锅汤都会有咸味，是扩散现象，能说明分子永不停息地运动，不符合题意；

B、在机械制造行业，常在齿轮、轴等表面层中渗碳、渗硅，来改善其表面性能，利用了物质的扩散现象，能说明分子永不停息地运动，不符合题意；

C、利用STM，科学家能用探针操纵单个原子和分子的排列，是原子核分子在外界干扰下进行的有序、有规则、有目的运动，不是分子的无规则运动，不能说明分子永不停息地运动，符合题意；

D、将硼、磷等物质扩散到纯净的硅晶体中，可以制成各种性能的半导体，利用了物质的扩散现象，能说明分子永不停息地运动，不符合题意．

故选C．