答案：B

题目分析：物质由分子构成，分子由原子构成，原子由原子核和电子构成，原子核由质子和中子构成，质子和中子又由夸克构成，因此从小到大的顺序应为：

原子、原子核、质子．

故选B．

点评：本题考查物质世界微观的构成，是一道基础题．