参考答案：C

解析：

申请专利的权利的归属

《专利法》第6条第1款，《专利法》第8条。甲研究所与乙公司之间起初为委托开发关系，但随着“乙公司派技术人员参与开发工作，并对所开发技术的实质性特点作出了创造性贡献”，并且，由于是“乙公司派技术人员参与开发工作”，该技术人员所作出发明创造为职务发明，所以甲乙之间已经转变为了合作开发关系，该新技术属于双方合作完成的发明创造。故只有选项C正确。此外，根据《合同法》第340条第1款中规定：“合作开发完成的发明创造，除当事人另有约定的以外，申请专利的权利属于合作开发的当事人共有。”也可以得出只有选项C正确。

(注意：本题难度不是很大，即使不考虑《合同法》的内容也可得出正确答案。但是，如果在进行练习时能尽量将相关法律互相联系起来，不光有助于形成完整的法律体系的理念，也有助于提高对大量枯燥法条的记忆效果。)