参考答案：B

解析：根据《系统集成项目管理工程师教程》书中"17.5.2应用系统运行中的安全管理"一节的所述内容，应用系统运行中涉及的安全和保密层次包括系统级安全、资源访问安全、功能性安全和数据域安全。这4个层次的安全，按粒度从粗到细的排序是系统级安全、资源访问安全、功能性安全、数据域安全。程序资源访问控制安全的粒度大小介于系统级安全和功能性安全两者之间，是最常见的应用系统安全问题，几乎所有的应用系统都会涉及这个安全问题。根据以上内容可知，正确答案为B。