参考答案：该体系规划中的不妥之处是：
(1)规划年限不对，应在15～20年之间。
(2)比例尺不对，应在1:100000～1:50000之间。
(3)规划编制单位资质不够，一个县级市里的区级规划设计室不能承担县域城镇体系规划任务。
(4)规划的沿海化工产业带与沿海湿地保护区有部分重叠，不合理。
(5)规划的铁路穿过人类史前遗址保护区，不合理，应避让。
(6)中心镇过多，全市共24个建制镇，就设了9个中心镇。
(7)市域东北部规划的公路应与玄玉市衔接，修公路不应受行政区界的影响，故意绕开玄玉市。
(8)规划的川南镇至太平镇的公路没有必要，属于为了追求市域内的公路环而搞的重复建设。
(9)规划的小山镇至马泉县城的公路没有必要，可由小山镇向西选择最短距离直接与田东公路衔接。
(10)西海镇与田南市应规划一条公路，使该市城区能与区域性港口有比较便利的连通。
(11)污水处理厂位置不对，不能紧靠在田南市城区的上游。