参考答案：A,B

解析： 实质审查程序中驳回申请的情形
根据《专利法实施细则》第53条，以及《专利法》第38条规定：“发明专利申请经申请人陈述意见或者进行修改后，国务院专利行政部门仍然认为不符合本法规定的，应当予以驳回。”《专利审查指南2010》2-8-1“引言”中规定：“根据专利法第三十八条的规定，在实质审查中，发明专利申请经申请人陈述意见或者进行修改后，专利局认为仍然不符合专利法规定，即仍然存在属于专利法实施细则第五十三条规定情形的缺陷的，应当予以驳回。”
A《专利法》第33条规定：“申请人可以对其专利申请文件进行修改，但是，对发明和实用新型专利申请文件的修改不得超出原说明书和权利要求书记载的范围，对外观设计专利申请文件的修改不得超出原图片或者照片表示的范围。”故选项A符合题意。
B《专利法实施细则》第20条第2款规定：“独立权利要求应当从整体上反映发明或者实用新型的技术方案，记载解决技术问题的必要技术特征。”故选项B符合题意。
C、D《专利法实施细则>第17条第1款、第2款中规定：“发明或者实用新型专利申请的说明书应当写明发明或者实用新型的名称，该名称应当与请求书中的名称一致。说明书应当包括下列内容：(一)技术领域……(二)背景技术……(三)发明内容：写明发明或者实用新型所要解决的技术问题以及解决其技术问题采用的技术方案，并对照现有技术写明发明或者实用新型的有益效果；(四)附图说明……(五)具体实施方式……发明或者实用新型专利申请人应当按照前款规定的方式和顺序撰写说明书，并在说明书每一部分前面写明标题，除非其发明或者实用新型的性质用其他方式或者顺序撰写能节约说明书的篇幅并使他人能够准确理解其发明或者实用新型。”在《专利法实施细则》第53条规定的驳回理由中不包括《专利法实施细则》第17条，因此其不是实质审查程序中可以驳回申请的直接理由。故选项C、D错误。
(注意：根据《专利法实施细则》第44条的规定，申请不符合《专利法实施细则》第17条和《专利法》第38条规定的，属于初步审查中可以驳回的理由。但实质审查的驳回理由只能限制在《专利法实施细则》第53条所列举条款的范围内，初步审查中的驳回理由并不等于实质审查中的驳回理由。这样做的目的主要是保障申请人的利益。经过初步审查合格的申请，通常已经不存在形式缺陷，在实质审查中一般都针对《专利法实施细则》第53条所规定的实质性问题进行审查，而不以形式缺陷驳回。)