小明因为患有甲型H1N1流感而引起的呼吸道感染住院治疗，在输液时，药物随血液循环到达患病部位经过的循环路线：上肢静脉→上腔静脉→右心房→右心室→肺动脉→肺部毛细血管网→肺静脉→左心房→左心室→主动脉→各级动脉→咽喉部位毛细血管，因此药物经过心脏和肺的次数分别是两次和一次．

故选A