参考答案：(1)A、B两个企业签订的买卖合同有效。根据《合同法》的有关规定，法人的法定代表人超越权限订立的合同(包括担保合同)，除相对人知道或者应当知道其超越权限的以外，该代表行为有效，合同成立有效。在本案中，B企业并不知道A企业的法定代表人王某超越了内部权限，因此王某的代表行为有效，买卖合同成立有效。
(2)A企业有权在6月5日行使不安抗辩权，中止履行合同。根据《合同法》的有关规定，应当先履行债务的当事人，有确切证据证明对方经营状况严重恶化的，可以中止履行，要求对方提供担保。
(3)未办理登记，不会影响抵押合同的效力。根据《物权法》规定，以建筑物和其他土地附着物，建筑物用地使用权，土地承包经营权，正在建造的建筑物这四种财产设定抵押，应办理抵押登记，抵押合同自登记之日起生效，而其他的抵押合同都是自签订之日起生效。因此，以机器设备进行抵押，自签订之日起合同生效。
(4)机器设备的所有权不能直接归A企业所有。根据《物权法》的有关规定，抵押权人在债务履行期届满前，不得与抵押人约定债务人不履行到期债务时抵押财产归债权人所有，因此，“如B企业不能支付到期货款，该机器设备的所有权直接归A企业所有”的约定无效，
(5)应先行使对B企业的抵押权，再要求C企业承担保证责任。根据《物权法》规定，被担保的债权既有物的担保又有人的担保的，债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现担保物权的情形，债权人应当按照约定实现债权；没有约定或者约定不明确，债务人自己提供物的担保的，债权人应当先就该物的担保实现债权；第三人提供物的担保的，债权人可以就物的担保实现债权，也可以要求保证人承担保证责任。提供担保的第三人承担担保责任后，有权向债务人追偿。
(6)A企业有权要求B企业支付其80万元的补偿金。根据《物权法》的有关规定，担保期间，担保财产毁损、灭失或者被征收等，担保物权人可以就获得的保险金、赔偿金或者补偿金等优先受偿。被担保债权的履行期未届满的，也可以提存该保险金、赔偿金或者补偿金等。