参考答案：1．用于出租的地下停车场，建筑面积应当计入可售面积。
(1)《国家税务总局关于印发(房地产开发经营业务企业所得税处理办法)的通知》(国税发[2009]31号)第十七条规定：企业在开发区内建造的会所、物业管理场所、电站、热力站、水厂、文体场馆、幼儿园等配套设施，按以下规定进行处理：(一)属于非营利性且产权属于全体业主的，或无偿赠与地方政府、公用事业单位的，可将其视为公共配套设施，其建造费用按公共配套设施费的有关规定进行处理。(二)属于营利性的，或产权归企业所有的，或未明确产权归属的，或无偿赠与地方政府、公用事业单位以外其他单位的，应当单独核算其成本。除企业自用应按建造固定资产进行处理外，其他一律按建造开发产品进行处理。
(2)该出租的地下车库属于第二种性质，应当视同建造开发产品进行处理，所以地下停车场计入可售面积，应当分摊取得土地使用权所支付的金额。
2．根据《国家税务总局关于印发(房地产开发经营业务企业所得税处理办法)的通知》(国税发[2009]31号)第二十九条：企业开发、建造的开发产品应按制造成本法进行计量与核算。其中，应计入开发产品成本中的费用属于直接成本和能够分清成本对象的间接成本，直接计入成本对象，共同成本和不能分清负担对象的间接成本，应按受益的原则和配比的原则分配至各成本对象。所以对于能单独列入商铺的建安成本，可以直接列入商铺成本。
3．普通住宅与非普通住宅应当分别核算，(1)《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)规定，开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
(2)《国家税务总局关于印发(土地增值税清算管理规程)的通知》(国税发[2009]91号)规定，清算审核时，对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。
(3)《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税[1995]48号)规定，对纳税人既建普通住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条(一)项的免税规定。