参考答案：为了应对建设创新型国家所面临的挑战，政府部门必须采取以下措施：
(1)加强组织领导，切实把提高自主创新能力作为关系全局的大事抓紧抓好。要实施激励自主创新的各项政策措施，及时研究和解决科技工作和科技发展中的困难和问题，努力创造有利于提高自主创新能力的法制环境、市场环境和各方面条件。要加大对知识产权保护的力度，要做好人力资源开发的政策制定、协调服务工作，关心和爱护广大科技人员。
(2)加强协调配合，加大对自主创新的支持力度。加强对规划纲要落实工作的具体指导，加强统筹协调，及时研究、解决重大专项和其他重点任务实施过程中遇到的困难和问题。要把对科技事业发展特别是提高自主创新能力的投入作为战略性投资，加大财政科技投入的力度，调整和优化投入结构，增强政府投入调动全社会科技资源配置的能力，形成多元化、多渠道、高效率的科技投入体系。
(3)坚持以人为本，让科技发展成果惠及全体人民。要充分尊重群众的首创精神，广泛开展群众性技术革新活动，发挥工会、共青团、妇联和科协等人民团体的积极作用，动员广大人民群众投身到自主创新的伟大事业中来。