参考答案：D

解析：

客户档案主要包括：

①借款企业及担保企业的“三证”复印件，

②借款企业及担保企业的信用评级资料。

③借款企业及担保企业的开户情况。

④借款企业及担保企业的验资报告。

⑤借款企业及担保企业近三年的主要财务报表，上市公司、“三资”企业需提供经审计的年报。

⑥企业法人、财务负责人的身份证或护照复印件。

⑦反映该企业经营、资信(“三资”企业还应提交企业批准证书、公司章程等)及历次贷款情况的其他材料。

所以，三资企业比其他企业需要特别上交的客户档案是企业批准证书、公司章程。故D选项正确。