参考答案：A,B,C,E

解析： 对航线自然条件和地理环境的调查包括：①航线吃水限制，包括航线途径运河的吃水限制及航线上各挂靠港口进出港航道的吃水限制；②航线沿途港口情况，包括码头泊位技术尺度、装卸条件、避风锚地情况、燃物料供应情况、港口费收规定等；③航线气候情况，包括风浪，港口雾、雨、雪天气的比例，是否有封冻港及封冻期长短等；④航线潮汐情况，包括各港口的高潮、低潮时间及水位差。