参考答案：(Ⅰ)
本案反映的是法的价值中秩序与自由，或者说公共利益与私人利益冲突的基本问题。本案原告拥有合法的经营权，也就是取得了私人经营的自由，行政机关为了实现公共利益，将其专属的经营权又进行招标拍卖，虽然是对公共利益的维护，但也在实质上伤害了私人利益与自由。要正确处理这种问题，需要我们从个案平衡的基本思路出发，实现秩序与自由的和谐，公共利益与个人利益的双赢。
个案平衡是解决此类问题的关键。所谓个案平衡，主要是从目的与手段两个方面来为纠纷的解决划分一个基本的思路。一方面我们在目的上要兼顾私人利益与公共利益，不能牺牲私人利益；另一方面在手段上，我们也需要遵循比例原则，不可以因为公共利益就过分的伤害和限制私人利益与自由
从本案来看，行政机关可以为了公共利益重新选择招标方式，但在目的上要兼顾保护私人利益，尤其是对益民公司的信赖利益应该给予合理的补偿，而不应该一撤了之；另一方面，也应该给予益民公司充分的选择、参与与竞争的空间与可能，而不是将之拒之门外。
从手段上看，本案的行政机关也没有遵循比例原则的基本要求。在实施招标之前，应该先告知益民公司，并先对其许可予以撤销，才能启动新的招标。
(Ⅱ)
本案可以从行政法上的诚实信用、正当程序、权责统一三个原则来分析和掌握。
从诚实信用来看，政府活动应该对其做出的行为负责，遵守和履行诺言。已经给了益民公司专项经营权，就不应该随便的收回和剥夺。政府肩负公共利益维护的重要使命，但在做出一定行为之前，应该谨慎思考，一旦做出决定，就不应该随便改变。
从正当程序来看，一个具体行政行为只有被撤销了，才能做出与之内容相同的另一个行为，而不能直接用第二个行为来代替与覆盖第一个行为，这是正当程序的基本要求。在本案中。在实施招标之前，应该先告知益民公司，并先对其许可予以撤销，才能启动新的招标。直接对亿星公司授予许可，而对于有排斥内容的许可来看，显然与益民公司的许可发生冲突，不符合正当程序要求。
从权责统一原则来看，政府活动给公民合法权益造成了实际损失，应该积极承担补偿或赔偿的法律责任。本案由于政府行为程序违法，因此给益民公司带来的损失应该积极予以赔偿，而不是_撤了之；况且益民公司当年取得该许可其自身并没有过错，更应该获得政府的积极赔偿，否则公民权利就无法得到实际维护。
(Ⅲ)
(1)两个行为都有可诉性。因为它们都是直接处分相对 * * 利义务的具体行政行为，且都对起诉人的信赖利益产生了实际影响。
(2)本案被告是周口市计委和周口市政府。亿星公司是54号文件的相对人，与本案的裁判结果有利害关系，可以作为第三人由人民法院通知或依申请参加诉讼。
(3)本案具体行政行为违法，但撤销会给公共利益带来重大损失，因此应该适用确认违法的判决，并可责令被告采取一定的补救措施、承担赔偿责任。 ．
(4)原告如果没有正当理由，法院不应该接受。根据2000年司滔解释第45条，被告收到起诉状副本后，原告不能再提出新的诉讼请求，有正当理由除外。
(5)二审中新增赔偿请求，根据2000年解释第71条，二审法院可以直接审理，请求成立的，可以进行调解，调解不成的，告知上诉人另行起诉；请求不成立的，驳回赔偿请求。对于上诉人在一审中没有提交、二审中提交的证据，人民法院不应该采纳。