参考答案：张军对A公司作出修改的建议是正确的，因为根据收入的确认原则，只有商品所有权的主要风险和报酬转移后，销售收入才能确认，而在上例中，注册会计师张军在检查了商品房的销售合同、收款凭证及其会计处理后，不能获得可靠的证据证明商品房上的主要风险和报酬已经转移，销售收入不能确认，为此张军提请A公司做相应的调整分录是正确的。
假设A公司拒绝对上述事项作出调整，则张军可出具保留意见的审计报告，因为注册会计师张军充分关注了被审计单位及其子公司合作开发的商品房，由于“尚未办理完入住手续，而且没有可靠的证据表明与商品房所有权有关的主要风险和报酬已经转移”，而A公司已经确认为当期的营业收入，对于《企业会计准则第14号——收入》所规定的收入确定条件“商品所有权上的主要风险和报酬确实转移”，未能取得足够的证据，因此应出具保留意见的审计报告。