被子植物的营养器官（根、茎、叶）和生殖器官（花、果实、种子）的形态结构特征，都可作为分类的依据．但主要以花、果实和种子作为主要依据．因为生殖器官比营养器官在植物一生中出现得晚，生存的时间比较短，受环境的影响比较小，形态结构也比较稳定．可见，A、B、C三项都正确．

故选：D．