（1）、植物主要包括藻类植物、苔藓植物、蕨类植物和种子植物四大类，据题意可知A是苔藓植物，B是蕨类植物，苔藓植物无根，只有假根，但有了茎、叶的分化，蕨类植物有了根、茎、叶的分化．故B具有而A不具有的器官是根．

（2）、被子植物的种子外面有果皮包被着形成果实，裸子植物的种子外面无果皮包被着，裸露，不能形成果实．

（3）、胚是种子的主要部分，将来发育成新植物的幼体，植物的幼体有根、茎、叶以及根与茎的连接部位．

故答案为：（1）、根

（2）、果实

（3）、幼苗、根与茎的连接部位