参考答案：

(1)蛋白质一级结构是指蛋白质多肽链中氨基酸残基的排列顺序。

(2)不同物种同源蛋白质一级结构存在差异，亲缘关系越远，其一级结构中氨基酸序列的差异越大;亲缘关系越近，其一级结构中氨基酸序列的差异越小。

(3)与功能密切相关的氨基酸残基是不变的，与生物进化相关的氨基酸残基是可变的。