参考答案：A

解析：鸭球虫病是由艾美耳属、泰泽属、温扬属和等孢属的多种球虫寄生于鸭肠道上皮细胞引起的寄生虫病。北京鸭主要致病种是毁灭泰泽球虫和菲莱氏温扬球虫，主要寄生于鸭的小肠上皮，致病性以前者最为严重。因此，毁灭泰泽球虫主要寄生在小肠。故答案选择A。