A、刚从蒸笼里拿出的馒头，放一阵子变凉了，是馒头上的内能一部分转移到空气中了，是热传递方式改变了物体的内能．符合题意．

B、两手互相摩擦做功，机械能转化为内能，使手的内能增加，温度升高，不符合题意．

C、用锤子敲打石头时，锤子对石头做功，同时石头对锤子也做功，机械能转化为内能，锤子发热，属于做功改变物体的内能，不符合题意．

D、给自行车车胎打气时，活塞压缩空气做功、活塞克服与筒壁间的摩擦做功，机械能转化为内能，内能增加，使打气筒壁变热，属于做功改变物体的内能，不符合题意．

故选A．