A、用烧杯盛些脏水，在阳光下能看到许多微粒在不断运动，是固体小颗粒的运动，不能说明分子的运动．此选项不合题意．

B、用一般的显微镜就能观察到很多细菌在活动，这是微生物的机械运动，不能说明分子的运动，此选项不合题意．

C、尘土飞扬是固体小颗粒的机械运动，不能说明分子的运动．此选项不合题意．

D、开水温度较高，泡在开水里的冰糖分子运动速度加快，运动到水分子的空隙中，与水分子混合在一起，所以一会冰糖就不见了．此选项符合题意．

故选D．